Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Ниатхией и Гандалией. Гандалия использует бакуганов в войне для того чтобы покорить Ниатхию. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Ниатхии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианом Рэном, чтобы остановить воинов Гандалии и Двенадцать приказов, а также спасти от уничтожения Ниатхию и возможно Землю. Ставки высоки! Смогут ли бойцы победить 12 приказов и спасти бакуганов ещё раз?